Kdor je uporabljal FBA, je lahko konkuriral v programu Amazon Prime. To pa ima številne posledice, saj se takšni izdelki veliko pogosteje znajdejo v Amazonovih posebnih ponudbah in dogodkih, kot so Prime Day, črni petek ali Cyber Monday. Prav tako se prodajalci s FBA pogosteje znajdejo v tako imenovanem okvirčku (buy box), ki omogoča hitri nakup z enim klikom. Tudi če isti izdelek prodaja več prodajalcev, bo Amazon raje više pokazal tistega, ki ima FBA. Kaj pa ima od tega Amazon? Od izdelkov, ki se prodajajo kot FBA, dobi večji kos provizije. Nekateri prodajalci isti izdelek ponujajo dvakrat, enkrat kot FBA in drugič iz lastnih skladišč, in Amazon seveda više vrednoti prvega.
V Italiji več kot polovico prodaj prek Amazon v resnici izvedejo mala in srednja podjetja. Zato je ključno, da imajo pravično obravnavo. AGCM je zato Amazon oglobil in od njega zahteval, da pripravi novo politiko, ki bo pravična do vseh, ne glede na uporabo FBA. Iz Amazona so sporočili, da se ne strinjajo z odločitvijo, da je nepravična in nesorazmerna, zato se bodo pritožili.