Svet zavoda je Kreka za direktorja NIJZ imenoval 25. aprila 2020 po tistem, ko je funkcijo vršilca dolžnosti nekaj časa opravljal epidemiolog Ivan Eržen.
Na današnji dopisni seji je vlada spremenila sklep o ustanovitvi NIJZ. Po spremembi je predvideno, da za čas do imenovanja strokovnega direktorja naloge strokovnega direktorja opravlja vršilec dolžnosti, in ne več generalni direktor NIJZ, ki je trenutno Milan Krek.
Prejšnja vlada Janeza Janše je pred tem maja 2021 sprejela spremembo sklepa o ustanovitvi NIJZ, s katero je predvidela uvedbo položaja strokovnega direktorja. Naziv direktor pa se po takratni spremembi spreminja v generalnega direktorja. Strokovnega direktorja NIJZ bo imenoval in razreševal generalni direktor, so takrat predvideli na vladi.
Zdajšnji generalni direktor Krek, ki se bo v imaginarij Slovencev zapisal kot bolj ali manj vešč krmar NIJZ v času epidemije koronavirusa, v teh dneh sicer poudarja, da minister za zdravje Danijel Bešič Loredan nanj pritiska, naj odstopi. Bešič Loredan je v današnji izjavi za medije pojasnil, da je s Krekom večkrat govoril, in da slednji ne uživa njegovega zaupanja. Na vprašanje zakaj, je odgovoril, da zaradi nekaterih Krekovih potez v času epidemije covida-19, ki jih ni izpeljal. Ob tem je spomnil, da so bili na prvi seji vlade imenovani novi vladni predstavniki v svetu NIJZ.
Krek navaja, da gre za "posameznike, ki so člani strokovnega sveta za zdravstvo v stranki SD". V petkovi izjavi za STA je sicer poudaril, da ne bo odstopil, ker da na položaj direktorja NIJZ ni bil imenovan politično, pač pa na podlagi strokovnih kompetenc.
Med drugim je odmevala njegova izjava z začetka aprila 2020, ko je bil še predstojnik območne enote NIJZ Koper. Takrat je ocenil, da bi bilo, če Slovenija ne bi sprejela ukrepov za preprečevanje širjenja koronavirusa, na vrhuncu epidemije covida-19 okuženih 480.000 oseb. V takratnem prvem valu epidemije pa bi umrlo 90.000 Slovencev, je dejal Krek.
